大规模超级并行计算机系统生物计算研讨会于2009年3月23日下午在中科院过程工程研究所多相反应实验室四楼会议室成功举行。中科院生命科学与生物技术局张知彬局长、苏荣辉副局长以及北京生命科学研究院（筹）工作小组副组长高福研究员参加了此次研讨会，同时参加会议的领导和嘉宾还有过程工程所副所长马光辉研究员、生物局刘杰处长、基础局王永祥处长以及高技术局邱显杰博士等。

　　高福研究员主持会议。他首先代表康乐研究员介绍了北京生科院的筹建情况，并强调北京生科院的工作主要集中在科研、协调以及服务三个方面。特别指出，按照路院长的指示精神，生物信息学与大规模超级并行计算将是生科院最近主抓的一件大事，通过这样的组织推动科学院不同学科不同领域在生命科学领域的交叉研究。随后张知彬局长讲话指出，在生命科学研究中要重视生物学与计算领域的合作，生物超算是院里重要的发展方向，此次会议也是进一步落实路院长的讲话指示精神。他认为，计算方法的提出也象生命科学研究，需要进一步凝练科研的目标和方法。希望通过此次会议进一步加强融合交流，同时会考虑加强院内不同的学科之间形成研究网络，使研究平台正常化，一方面进行学术交流，一方面建立交流合作的平台，最后预祝研讨会圆满成功。

　　来自过程工程所的葛蔚研究员作了多尺度离散模拟以及并行计算系统开发与应用研究的报告。葛研究员从并行计算系统发展的瓶颈谈起，认为通用计算机系统在计算过程中，出现的问题多样化。而专用计算机的研制以及研发效率也影响了科研进度。离散模拟中计算粒子以及流体粒子的模拟已经成为比较通用的模型，粒子模拟软件通用化之后，多相流体模拟以及计算的并行能力得到进一步的提升。同时，他又详细介绍了包括惠普HP8600、曙光以及联想在内的机架式服务器大型机系统，其通用运算能力已达到十万亿次，并且已经在多孔介质离散模拟、纳微金属材料模拟、气动加热模拟、有机以及生物分子的模拟和双分子囊泡形成过程的模拟等方面得到成功应用。报告结束后，在葛蔚研究员的引导下，与会人员参观大型计算机系统。随后在高福研究员的主持下，与会专家和领导进行了热烈的讨论。各位专家踊跃发言，大家从以GPU为核心的大型计算机在生物学上的应用展开讨论，认为计算能力的提升以及多尺度模拟在大型计算机系统的成功应用对计算生物学工作的开展具有潜在的应用价值和良好前景，同时与会专家普遍认为此系统只适用于计算密集型的数据，而对于数据密集型的生物海量数据则很难开展工作。在没有作业调度系统，没有用普遍使用的语言编写并行程序的前提下，应该以GPU为基础提出合适的算法，以便更好的在生物领域进行使用。药物所的于坤千研究员作了关于计算机大分子药物辅助设计的报告，从分子药物以及靶点的模拟谈起，认为虚拟筛选能够加快分子药物筛选的进程，并且虚拟筛选的药物已经成为药物先导的宝库，抗SARS药物的发现已经成为成功的先例。他进一步建议应配置计算生物学专用的计算机，提高集群计算机的并行度，提出改进节点通讯量的计算方法。

　　最后，张局长作了总结发言。他指出，为使研究合作可持续发展，要把这些事情进行下去，现在虽然发现在多尺度模拟和生物计算之间很难找到结合点，这还需要更多的了解和接触，需要找到进一步研究的切入点，并表示会在院层次上共同推动和结合，下一次行动时会有更好的方案，关键是凝练问题，使生物学研究能够更好和多分子尺度结合，和多个系统结合，同时建议应该和其他的领域比如数学以及高技术领域进一步合作交流，加强科学院内多学科之间的交流与合作，围绕一个目标开展研讨，共同推动学科的进步。