2009年12月16日，上海生命科学研究院院长陈晓亚一行来到北京生命科学研究院访问。这是上海生科院领导对北京生科院的第一次正式访问。上海生科院领导希望通过此次访问加强对北京生科院功能定位、机构设置、运行机制和运作模式等方面的了解，促进相互之间的学习和交流，取长补短，加强合作。北京生科院院长康乐在接待来宾时表示，北京生科院作为中科院新建机构，也需要了解上海生科院的特点和模式，学习他们的管理和运行经验。
两位院长回顾了中科院上海和北京两地生命科学研究的密切关系。老一辈德高望重的生命科学家在建国初期奔走于上海和北京两地，相继成立了生命科学各领域研究所。几十年来协同发展，一些国际级重大科研成果都是由两地众多科学家和科技工作者紧密合作、鼎力相助、长期奋斗完成的。
两位院长对当前生命科学交叉研究的发展深有感触，突破学科领域和研究单位壁垒，组织具有重大战略意义的交叉研究势在必行。在各领域研究所基础上成立跨学科跨单位的研究机构堪当此重任。中科院先后在上海和北京成立了不同运行机制的两个生命科学研究院。
上海生科院由原中科院在沪的8个生物学研究机构于1999年7月经过结构调整、体制创新而组建成立，现有8个研究所和4个支撑单元。十年来，上海生科院全面实施知识创新工程，创新体制机制、完善科技布局、集聚创新人才、推进交叉合作、加强开放联合、优化创新环境，将科技创新活动主要聚焦于生命现象本质的前沿探索和基础研究，人口健康重大问题的转化型研究，生物资源、农业和环境的关键科学问题研究等三大方向，充分发挥独特的组织优势，由院层面总体规划科技工作，抓紧前沿生长点部署，促进所际学科交叉，推动综合集成，建设公用科技支撑系统和技术平台，把研究所的行政、后勤等综合管理与服务功能承担起来，促进研究所成为真正意义上的科研学术单元，集中精力抓科研学术和人才队伍建设，在服务国家需求方面进行了一系列富有成效的探索，已经发展成为以服务人口健康与探索生命奥秘为主线，综合实力较强的我国最大的生命科学研究基地、高水平人才培养基地、科技成果转移转化基地。
北京生科院于2008年1月10日开始筹建，2009年7月通过科学院的验收。该院成立后，京区7个生命科学研究所仍保留法人资格。北京生科院承担科研、管理、服务三方面任务，包括：开展战略研究和长远规划，推动交叉科学研究，建立交叉开放研究中心；组织重大跨所科技活动，开展院地和国际合作；完善技术支撑和公共服务平台，强化公共实验平台和基础设施的共享机制，推动园区的统一规划和基本建设。目前，北京生科院开创了三种学术交流模式（北京生命科学论坛，精品讲座，PI Club），搭建了国际合作平台（中美合作中心，中日联合中心，正在筹建中德中心、中加中心），建立了生命科学大型仪器区域中心，建成了高性能计算平台。北京生科院将根据自己的定位和特点，进一步开展跨所的科研、学术交流和共享平台等工作，提升北京生命科学研究的整体创新能力。
最后，陈晓亚院长为北京生科院留下了“加强交流，相互学习，携手共进”的题字。两院院领导表示，将来还要进一步多交流，相互促进、做好工作。
