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说明

样品要求

全基因组测序

基因组从头测序(Whole-genome de novo sequencing

针对的是基因组序列未知或没有近源物种基因组信息的物种。

先通过高通量测序方法对不同长度基因组文库片段进行大规模序列测定,再利用生物信息学方法来获得该物种的全基因组序列图谱。

可构建文库类型:

1.短片段 paired end文库(180-800bp

2.长片段mate pair文库(2K-5K

浓度大于50ng/μl;短片段文库DNA总量大于5μg,长片段文库DNA总量大于15ugOD260/2801.82.0之间;电泳结果主带清晰,无弥散。

全基因组重测序(Whole-genome resequencing

将不同长度插入片段的测序文库与双末端(Paired-End)相结合进行测序,能够检测全基因组的罕见变异(rare mutations),并获得大量的单核苷酸多态性(SNPs)信息、序列的插入缺失位点(InDels)信息、多种结构变异(SV)和拷贝数变化(CNV)。

全基因组重测序技术在人类疾病与临床研究、药物基因组学研究、人类遗传学研究、群体遗传学研究及比较基因组学研究等领域中具有重大的生物学意义。

浓度大于50ng/μl;总量大于5μgOD260/2801.82.0之间;电泳结果主带清晰,无弥散。

宏基因组测序 (Metagenome Sequencing)

宏基因组测序是以特定环境样品中的微生物群体基因组(尤其是那些种类众多的难于培养的微生物) 为研究对象,以功能基因筛选和测序分析为研究手段,来分析微生物群体基因组成及功能,解读微生物群体的多样性、丰度、种群结构、进化关系、功能活性、相互协作关系及与环境之间的关系。

宏基因组测序技术为微生物种群(环境中99%的微生物不可培养)的研究和发展提供了很好的策略,是目前微生物研究的前沿领域。

浓度大于50ng/μl;总量大于5μgOD260/2801.82.0之间;电泳结果主带清晰,无弥散。

外显子组测序(Exome sequencing

全基因组外显子测序是将全基因组外显子区域DNA序列捕获并富集后进行高通量测序。不仅在检测外显子区域常见和罕见变异方面具有很高的灵敏度,可发现外显子区绝大部分疾病相关变异,而且仅需要对约1%的基因组进行测序,相对于全基因组测序来说性价比高。此方法是是鉴定孟德尔疾病的致病基因十分有效的策略,也被用来研究发现复杂疾病的易感基因。

浓度大于50ng/μl;总量大于5μgOD260/2801.82.0之间;电泳结果主带清晰,无弥散。

转录组测序(利用oligodT纯化的转录组和利用去rRNA纯化的转录组-可检测非编码RNA;有方向性转录组和无方向性转录组)(Transcriptome sequencing

转录组测序是利用高通量测序技术,全面快速地获取某一物种特定器官或组织在某一功能状态下的几乎所有转录本(目前的研究对象主要是mRNA和非编码RNA),是研究细胞表型和功能的一个重要手段。

可构建文库类型:

1oligodT法纯化mRNA,无方向性或有方向性,适用真核生物;

2.去核糖体RNA法保留mRNA和非编码RNA,有方向性,适用部分真核生物和原核生物。(人、鼠、细菌三个物种可直接送样给平台,其他物种需和平台联系协商;人鼠去核糖体RNA文库可选择去细胞质核糖体RNA试剂盒或去细胞质和线粒体核糖体试剂盒。)

浓度100-400ng/μl,总量大于5μgOD260/2801.8—2.1

完整性良好,Agilent 2100检测总RNARIN≥7

DNA甲基化测序

DNA甲基化是表观遗传学的重要组成部分,在维持正常细胞功能、遗传印记、胚胎发育以及人类肿瘤发生中起着重要的作用。DNA甲基化是指DNA的胞嘧啶经甲基化转移酶催化为5’-甲基胞嘧啶。DNA甲基化能引起染色质结构,DNA稳定性以及DNA与蛋白质相互作用的改变,从而控制基因表达。

全基因组甲基化测序(Whole-genome Methylation Sequencing

将基因组DNA进行Bisulfite处理,能够将基因组中未甲基化的C碱基与甲基化的C碱基区分开来。Bisulfite处理后的DNA经过建库后测序能够绘制单碱基分辨率的DNA甲基化图谱。特定物种的高精确度甲基化模式分析,为细胞分化、组织发育等基础机制研究,及动植物育种、人类健康与疾病研究奠定了基础。此法可获得全基因组甲基化信息,但需要的测序数据量大,成本较高。

浓度大于50ng/μl;总量大于5μgOD260/2801.82.0之间;电泳结果主带清晰,无弥散。

MeDIP测序(Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing)

将基因组DNA随机打断后使用5’-甲基胞嘧啶抗体将甲基化修饰的DNA片段富集,然后进行高通量测序。此法可寻找到基因组上的甲基化区域,从而比较不同细胞、组织、甚至疾病样本间DNA甲基化修饰模式的差异,但不能在单碱基水平分辩此区域中哪些胞嘧啶为甲基化。

浓度大于50ng/μl;总量大于2μgOD260/2801.82.0之间;电泳结果主带清晰,无弥散。

RRBS测序(Reduced Representation Bisulfite Sequencing)

RRBS是一种准确、高效、经济的DNA甲基化研究方法,可实现DNA甲基化状态检测的高分辨率和测序数据的高利用率。 RRBS是通过对基因组进行MspI等特异性限制性酶切后通过片段选择进行启动子及CpG岛区域的特异性富集,随后进行Bisulfite处理并测序。此法不仅可将启动子和CpG岛附近的基因组中未甲基化的C碱基与甲基化的C碱基区分开来,还可以极大的提高CpG区域的测序深度,与全基因组甲基化测序相比减少大量的测序数据量。

浓度大于50ng/μl;总量大于3μgOD260/2801.82.0之间;电泳结果主带清晰,无弥散。

ChIP-Seq测序(Chromatin Immunoprecipitation Sequencing

染色质免疫共沉淀(Chromatin ImmunoprecipitationChIP)可研究蛋白质与DNA之间相互作用,通常主要研究的是组蛋白和转录因子等。

此方法是先通过ChIP实验得到片段化后的目标DNA片段(10ng左右),再进行文库构建。获得的ChIP- Seq 文库直接在Hiseq2000测序仪上进行大规模测序。通过分析可把目标蛋白的结合位点精确定位到基因组上。ChIP-Seq是比ChIP-ChIP更经济,准确地研究蛋白与核酸相互作用研究的一种技术。

总量大于10ng/次,片段范围100-500bp

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