中日联合实验室由中科院与东京大学联合建立，包括“分子免疫学与分子微生物学联合实验室”和“结构病毒学与免疫学联合实验室”。2006年，我国科技部和日本文部科学省正式批准上述两个实验室作为中日两国政府级合作项目；2010年，中科院与东京大学开展了新一轮合作，双方将继续以中日联合实验室为依托，拓宽合作渠道，积极寻求新的合作领域。2010年12月，北京生科院与东京大学医科学研究所合作协议签署仪式。双方将持续拓宽合作思路，积极交流合作新方向，联合协调相关院所，不断推动中日联合实验室的发展，共同促进生命科学领域研究的进步。